RNA
Sequenzierung
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Was wir anbieten
Unsere zwei Hauptansätze
wir konzentrieren uns auf die Gesamt-RNA oder das RNA-Exom, das alle kodierenden Gene umfasst
Universell
RNA Seq umfasst alle Arten von RNA (>50bp) und liefert daher ein umfassendes Bild des Transkriptoms, das sowohl bekannte als auch neue Merkmale erfasst
Vielfalt an Ergebnissen
Identifizierung von Fusionstranskripten, unterschiedlich exprimierten Genen, alternativem Spleißen, Expressionsprofilen, aber auch SNVs und CNVs
Verschiedene Arten der bioinformatischen Unterstützung
je nach Versuchsaufbau können verschiedene Analysepipelines von Interesse sein
Unser Prozess
Die RNA-Sequenzierung analysiert das Transkriptom und ist somit eine quantitative Bestimmung des Vorhandenseins und der Häufigkeit eines transkribierten Gens in einer biologischen Probe zu einem bestimmten Zeitpunkt. Die Expression des Transkriptoms bildet die Grundlage für die Identität einer Zelle und die damit verbundene Funktionalität, und wir freuen uns, ein paar Details über unseren Workflow mit Ihnen zu teilen.
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Library Vorbereitung
Wir konzentrieren uns auf zwei verschiedene Ansätze für die RNA Seq Library Prep, die Sequenzierung von Gesamt-RNA oder von kodierenden Genen:
- TruSeq Stranded Total RNA (with Ribo-Zero Globin) (Illumina)
- TruSeq Stranded Total RNA (Illumina)
gefolgt von der Hybridisierung/Anreicherung des xGen Exome Research Panel v2 (IDT) - NEBNext Ultra II Directional RNA (NEB) entweder kombiniert mit
o rRNA depletion (NEB) oder
o polyA enrichment (NEB)
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Sequenzierung
Bei MLLSEQ wird die Sequenzierung mit der Illumina Sequencing by Synthesis Methode auf der neuesten Generation von Sequenziergeräten, dem NovaSeq 6000, durchgeführt. Im Gegensatz zu DNA-basierten Assays wird der erforderliche Output für RNA Seq in Millionen von Clustern oder Millionen von Reads angegeben und hängt von dem gewählten Assay und der Forschungsfrage ab.
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In diesem Schritt bieten wir u.a. verschiedene Analysemöglichkeiten an:
- bcl2fastq (Demultiplexing)
- STAR Aligner (Alignment)
- Arriba, Manta, STAR-Fusion (Varianten Calling: Fusionen)
- Cufflinks 2 (Genexpression)
- Kallisto (Transkript-Expression)
- rMats (alternatives Spleißen)
- cnvkit (Varianten Calling: CNV)